En los gatos, recomiendan que se corte de raíz cualquier actitud agresiva o conato de pelea. Suypongo que en los perros también será conveniente marcarles ciertos límites para que no se acostumbren a estar todo el día a la greña. Pero si como dices tienen ratos en que parecen congeniar, todo es cuestión de tiempo que se calme.
Edito:

fotitos plis, cuanto antes mejor.
Cuando entró mi gatita en casa, la primera foto que les hice fué preparándose para una pelea. Y tengo otras no muy posteriores, en que duerrmen como si hubieran estado juntos toda la vida.